Žaidimo istorija vyksta nebe tokioje ir tolimoje ateityje (2032), kur distopinio kiberpanko pasaulio išlikimui grasina tarša. Totalitarinis rėžimas, subūręs žmoniją į miestus, pastatytus ant atmosferos konversijos centrų (atmospheric conversion centers), kurie valo ir pateikia orą bei vandenį žmonijai, agresyviai meluoja apie situaciją ir teigia, jog aptvertos ir griežtai saugomos užterštos zonos tėra tik laukinės gamtos draustiniai. Bet kas mėginantis ten patekti - rizikuoja tapti šalies priešu, arba tiesiog mirti vietoje... Juk širdies neskauda dėl to, ko nežinai.
Ši užteršta aplinka ir yra katalizatorius Oni žaidimo istorijai. Palikę du mažus vaikus namie, Hasegavos (Hasegawa) išvyksta į slaptą ekspediciją, su ketinimais įsibrauti į uždraustą zoną ir surinkti įrodymų apie melus. Bet Džeimė (Jamie) Hasegava, vos patekusi į zoną, įsibrėžia koją. Ir nors jie tuoj pat žaizdelę išvalo, užkratas jau dirbo savo darbą... Greit tampa aišku, jog Džeimė nebeišgyvens. Iš skausmo vaitojančiai žmonai Hasegava galėjo padėti tik vienu būdu...
Grįžęs, profesorius Hasegava prisiekė ištyrinėti parsigabentus mėginius ir rasti, kaip kovoti su mirtina tarša, kad daugiau niekas nuo jos nemirtų. Džeimės mirtis negalėjo nueiti veltui. Tad jis ir Džeimės brolis ėmėsi tyrimų, remiami monolitinio Sindikato, mat niekas kitas nenorėjo teptis rankų tuo, ką valdžia laikė melu. Tačiau Sindikatas mokslininkus rėmė ne altruistinių jausmų vedami ir, supratę, jog esama kažkokio nuo jų slepiamo progreso, jie įsiveržė į laboratoriją. Džeimės brolis dr. Kerr, su jų dukra Mai paspruko į TCTF (technological crimes task force - technologinių nusikaltimų darbo grupė), kur Mai tapo valdžios globotine. Kaip ir kodėl jos brolis Muro buvo paliktas - nėra aišku.
Čia pradedame patį žaidimą. Mai praeitis - giliai užrakinta paslaptis. Jos kodinis vardas - Konoko (kono ko: tas vaikas). Viskas ką ji žino tai, kad žmonėms, kurie jai vadovauja - ji skolinga visą savo gyvenimą. Prie tokio garbės jausmo pridėję ir teisingumo jausmą mes greit suprantame, jog Konoko, po pirmosios, prastai pavykusios savo misijos, nė neketina nustoti persekioti Sindikato ir jo vadeivos. Ji įrodys, jog buvo verta į ją įdėtų vilčių ir sunaikins tą blogio imperiją, vardan žmonijos...
Kaip Muro tapo Sindikato vadu - irgi nėra aišku. Bet greitai į paviršių ima kilti daugybė kitų dalykų. Tarkime, būdamas kompetentingas Muro tęsė savo tėvo darbą. Jis žino, jog Mai ir jis yra pirmieji Daodan Chrysalis simbiotai. Jo tėvo didysis atradimas... Kažkas panašaus į virusą, ar protingą vėžį, Daodan Chrysalis perima savo šeimininko kūną, jį saugo ir regeneruoja. Keičia pažeistas ląsteles, audinius, iki tokio lygmens, jog net stresas jį sužadina veiksmui. Ir jo dėka, šios mutacijos dėka, Hasegavų vaikai galėtų išgyventi ten, tuose "laukinės gamtos draustiniuose". Muro žino ir supranta ką tai galėtų reikšti žmonijai...
Muro teigia pasiekęs jų tėvo tikslą. Jis geba valdyti Daodan, jis žino, kaip ši mutacija veikia. Ir yra pasiruošęs per jėgą išstumti žmoniją iš už technologinės pažangos į biologinę hiper-evoliuciją. Muro ketina sustabdyti, ar kitaip pažeisti atmosferos konversijos centrus, ko pasėkoje - žmonija ilgai neišgyvens. Nebent priims (ar gal netgi pirks) Daodan Chrysalis. Ir tada prasidės visos tos "bado žaidynės", kur išgyvena tik stipriausieji.
Daodan Chrysalis asmens kūne sukelia transformaciją, padaro žmogų - antgamtinį, super-žmogų. Chrysalis yra galia, stiprumas, gajumas. Jų kūnai - regeneruojasi, gydosi. Tačiau paskutinės transformacijos stadijos, kai kūnas, organai, audiniai, yra bene visiškai ar jau visiškai pakeisti į tuos, kuriuos sukūrė Daodan - kelia šiokį tokį nerimą. Ypač, kai istorijos eigoje mes gauname susipažinti su keletu Muro karių, kuriems jis jau suteikė šią dovaną. Deformuotų, raguotų karių, kurių kraujas dega, kai jie žudo. Mat tai yra galia, ir galia, kaip žinome, gadina. O Daodan Chrysalis tikrai parodys, kieno viduje tūno vilkas, o kas - tik avys...
